Es un tipo de simulación computacional que considera un sistema de átomos o moléculas los cuales son tratados como un conjunto de partículas clásicas que interactúan unas con otras mediante un potencial interatómico. Debido a que en general los sistemas moleculares poseen un gran número de partículas, es imposible encontrar propiedades de tales sistemas complejos analíticamente.Dentro de este esquema se pueden calcular propiedades elásticas, capacidad calórica, modos vibracionales, constantes de difusión, funciones de correlación y tantas otras que permiten una comparación directa con los experimentos. El grupo es parte activa del desarrollo del código de dinámica molecular LPMD, y además utiliza otros softwares como LAMMPS, y DLPOLY.

Por muchos científicos es considerada “una tercera metodología” de la investigación científica. Este método, de carácter complementario y muchas veces alternativo a los modos convencionales de hacer ciencia, el experimental y el teórico, ha ejercido un fuerte impacto en prácticamente todos los campos de la ciencia. El objetivo de la simulación computacional es resolver los modelos teóricos en su total complejidad, mediante la resolución numérica de las ecuaciones involucradas, haciendo uso intensivo (y extensivo) de computadores. Los métodos de simulación computacional comúnmente usados para el estudio de las propiedades físicas de los materiales, son los de Dinámica Molecular, Método Montecarlo y Cálculos ab-initio.