Los siguientes softwares están instalados en el cluster Fenix. Para su uso deben contar con la licencia indicada. La mayoría de las compilaciones se hicieron con Intel Compilers Suite 2018, e Intel MPI.
Si usted desea solicitar un software adicional, por favor realize la solicitud en la p’agina http://www.matbio.cl/cluster
Si reporte problemas con el cófiso, no dude en contactarnos mediante solictud.
VASP 5.4.4
Version de vasp 5.4.4. Los ejecutables son :
- /opt/bin/vasp_std
- /opt/bin/vasp_gam
- /opt/bin/vasp_ncl
Algunas utilidades de vasp (use con cautela) :
- /opt/bin/vsp-clean.sh : Limpia un directorio y solo deja los ficheros POSCAR, POTCAR, KPOINTS, INCAR, y *.job
- /opt/bin/vsp-how-much-left.sh : Muestra (en una dinámica molecular), la velocidad de calculo y un estimado para finalizar.
- /opt/bin/vsp-getTPVFE.sh : Extrae de vasp (dinámica), la demperatura, presion, virial, energia libre y total.
Quantum-Espresso 6.2
Compilacion de Quantum Espresso 6.2 realizada con Intel compilers, e intel MPI. Recordar utilizar optimizacion para simulaciones grandes, por ejemplo -npool, o -nimage.
- /opt/bin/*.x
Phonopy
Utilidad para cálculo de fonones utilizando VASP.
Ejecutables de phonopy, se encuentran el el sistema, para el equipo Fenix.
LPMD
Compilación de LPMD utilizando intel y soporte de openMP. Los ejecutables se encuentran en :
- /opt/bin/lpmd
- /opt/bin/lpmd-*
LAMMPS
Código de dinámica molecular de muy alto rendimiento.
- /opt/lammps*
Python 2 & 3
Python 2 y 3, junto a las principales ibrerías se encuentran disponibles en cada nodo. Se recomienda notificar errores, si estos son detectados.